Curriculum vitae

11.4.2022

Jussi Pietari Toivonen
Palomäenkatu 26 b 3, 20540 Turku
+358 40 841 9437

Koulutus

Valmistuin filosofian maisteriksi tietojenkäsittelytieteestä Turun yliopistosta 2007. Sivuaineeni olivat matematiikka ja tilastotiede. Graduni aiheena oli koneoppimisen soveltaminen kasvilajien tunnistukseen klorofyllifluoresenssin perusteella.

Myöhemmin olen tehnyt samaisella tietojenkäsittelytieteen laitoksella väitöskirjaa syöpäkasvainten tietokoneavusteisesta kuvantamisdiagnostiikasta, mutta tämä työ on tällä hetkellä keskeytynyt henkilökohtaisista syistä.

Työkokemus

Tekniset taidot

Olen harrastanut ohjelmointia lapsesta asti. Minulla on ammatillista kokemusta C- ja Python-ohjelmointikielistä, sekä tieteellisistä Python-kirjastoista kuten Numpy, Scipy, Pandas jne. Olen käyttänyt hieman myös ohjelmointikieliä R, C++, Ruby ja Java. Osaan myös SQL:ää ja Latexia, ja olen käyttänyt pitkään Linuxia ja OpenBSD:tä.

Ohjelmoinnin lisäksi minulla on työkokemusta koneoppimisesta, hahmontunnistuksesta, tilastotieteestä, tietokannoista, MRI-analyysistä ja tekstuurianalyysistä.

Minulla on työkokemusta monenlaisten polkupyörien kunnostamisesta ja huoltamisesta.

Kielitaito

Äidinkieleni on suomi. Puhun ja kirjoitan englantia sujuvasti. Puhun espanjaa kohtalaisesti.

Muuta

Minulla on B-ajokortti.

Olen toiminut vuodesta 2006 alkaen The X-Rust Organization ry -yhdistyksessä, joka järjestää epäkaupallisia musiikkitapahtumia Turussa. Siinä olen osallistunut lähinnä roudaukseen ja sekalaisiin tehtäviin.

Harrastan filosofiaa ja politiikkaa.

Apurahat

Julkaisut

Vertaisarvioidut artikkelit

Toivonen J, Montoya Perez I, Movahedi P, Merisaari H, Pesola M, Taimen P, Boström PJ, Pohjankukka J, Kiviniemi A, Pahikkala T, Aronen HJ, Jambor I. Radiomics and machine learning of multisequence multiparametric prostate MRI: Towards improved non-invasive prostate cancer characterization. PLoS ONE 2019.

Merisaari H, Movahedi P, Montoya Perez I, Toivonen J, Pesola M, Taimen P, Boström PJ, Pahikkala T, Aronen HJ, Jambor I. Fitting methods for intravoxel incoherent motion imaging of prostate cancer on region of interest level: repeatability and Gleason score prediction. Magnetic Resonance in Medicine 2016.

Merisaari H, Toivonen J, Pesola M, Taimen P, Boström PJ, Pahikkala T, Aronen HJ, Jambor I. Diffusion weighted imaging of prostate cancer: Effect of b-value distribution on repeatability and cancer characterization. Magnetic Resonance Imaging 2015.

Toivonen J, Merisaari H, Pesola M, Taimen P, Boström PJ, Pahikkala T, Aronen HJ, Jambor I. Mathematical models for diffusion weighted imaging of prostate cancer using b values up to 2000 s/mm²: correlation with Gleason score and repeatability of region of interest analysis. Magnetic Resonance in Medicine 2014.

Konferenssijulkaisut

Merisaari H, Movahedi P, Montoya Perez I, Toivonen J, Pesola M, Taimen P, Boström PJ, Pahikkala T, Aronen HJ, Jambor I. Diffusion weighted imaging of prostate cancer: mathematical modeling of signal obtained using low b values. Proceedings of the International Society for Magnetic Resonance in Medicine 24 (2016).

Montoya Perez I, Toivonen J, Movahedi P, Merisaari H, Pesola M, Taimen P, Boström PJ, Kiviniemi A, Aronen HJ, Pahikkala T, Jambor I. Diffusion weighted imaging of prostate cancer: Prediction of cancer using texture features from parametric maps of the monoexponential and kurtosis functions. Sixth International Conference on Image Processing Theory, Tools and Applications (IPTA 2016).

Xu TC, Toivonen J, Pahikkala T, Leppänen V. BDMap: A Heuristic Application Mapping Algorithm for the Big Data Era. 14th IEEE International Conference on Scalable Computing and Communications (ScalCom/FUSION 2014).